Родился в 1934 г. в Ташкенте - заведующий кафедрой пульмонологии с клинической аллергологией Ташкентского института усовершенствования врачей, ведущий ученый пульмонолог и фтизиатр  Узбекистана, известный в странах Центральной Азии, в России и в дальнем зарубежье. 
В 1958 г. окончил Ташкентский Государственный медицинский институт. После окончания института в течение 50-ти лет работает в Ташкентском институте усовершенствования врачей, в котором прошел обучение в  клинической ординатуре и аспирантуре. Докторантуру по терапии проходил в Институте кардиологии им. А.Л. Мясникова (Москва). С 1978 г. возглавляет кафедру клинической пульмонологии, созданную по его инициативе в Ташкентском институте усовершенствования врачей. 
Заведывание кафедры  и педагогическую работу  сочетал с  административной деятельностью, 12 лет был деканом терапевтического факультета, затем - проректором по лечебной работе.
В 1964 г. защитил кандидатскую диссертацию, в 1974 - докторскую. В 1979 г. ему присвоено ученое звание профессора, в 1995 г. - избран чл-корр. АН РУз, в 2000 г. - академиком АН РУз, в 2005 г. - Почетным доктором Российской Академии Медицинских Наук. 
В 1986 г., как ведущий специалист по заболеваниям легких, был  назначен директором Узбекского НИИ туберкулеза, который под его руководством расширил рамки научной и практической деятельности, активно включился в разработку проблемы “пульмонология”, стал координационным центром науки и практики по этой проблеме и был переименован в НИИ фтизиатрии и пульмонологии МЗ РУз.
Убайдуллаев А.М. является автором  более 600 работ, в том числе 12 монографий, 10 изобретений и более 40 методических документов. 
Является главным редактором научного медицинского журнала «Вестник Ассоциации пульмонологов Центральной Азии», который издается с 1996 г.
А.М. Убайдуллаев - основоположник пульмонологической науки в Узбекистане, им создана научная школа пульмонологов. Под его руководством защищены 22 докторских и 35 кандидатских диссертаций. Научные достижения А. М. Убайдуллаева и его учеников признаны за рубежом. Он ежегодно представляет на международных конгрессах достижения Узбекистана в области пульмонологии и фтизиатрии.
Был инициатором и организатором совместных с французскими и немецкими учеными симпозиумов в Ташкенте (1986 г.) и Самарканде (1991 г.). Первым в Узбекистане получил международный сертификат по функциональным исследованиям дыхательной системы (Германия, г. Хохберг).
Под руководством А. М. Убайдуллаева разработан ряд программных документов по туберкулезу и пульмонологии - Закон РУз “О защите населения от туберкулеза”, “Государственная программа по профилактике и снижению заболеваемости туберкулезом в Узбекистане”, “Программа по выявлению и лечению туберкулеза в экспериментальных территориях”,  приказы Минздрава РУз по совершенствованию противотуберкулезной помощи, “Региональная программа  Ассоциации пульмонологов Центральной Азии по профилактика и уменьшению распространенности болезней органов дыхания в регионе на 1997-2000 гг”; Соглашение “Бронхиальная астма: стратегия диагностики, профилактики и лечения в регионе Центральной Азии”; “Формулярная система по туберкулезу” (2000 г.) и др.
Активно работает на общественном поприще. Успешно сотрудничает с ВОЗ и другими международными и зарубежными организациями.
Является членом Европейского респираторного общества (с 1990 г.), Международного союза борьбы с туберкулезом и другими заболеваниями легких (с 1996 г.), Президентом Ассоциации пульмонологов Центральной Азии (в 1994-2000 гг., с 2008 г.), Председателем Научного медицинского общества фтизиатров и пульмонологов Узбекистана (с 1987 г.), Элект-Президентом Евро-Азиатского респираторного общества (с 2006 г.). 
В 2004 г. А.М. Убайдуллаев признан лучшим специалистом Узбекистана и получил награду «Лучший врач года». В 2007 г. награжден орденом «Буюк  хизматлари учун» («За большие заслуги»).