Образование: 
Московский  медицинский стоматологический институт по специальности «лечебное дело» (диплом с отличием), 1981 год. Доктор медицинских наук, профессор. 

Дополнительное образование: 
Имеет высшую квалификационную категорию по специальности «врач-фтизиатр» (с 1998 г.), сертификаты специалиста по специальностям «фтизиатрия», «пульмонология», «организация здравоохранения и общественное здоровье». 

Научная деятельность: 
Основные работы (всего опубликовано более 300 работ в отечественных и зарубежных изданиях) посвящены диагностике и лечению больных саркоидозом, туберкулезом, фиброзирующими альвеолитами, неспецифическими воспалительными и иными заболеваниями органов дыхания. Кандидатская диссертация (1987 г.) посвящена дифференциальной диагностике диссеминированных поражений легких, а докторская (1995 г.) - эпидемиологии, диагностике, лечению и диспансерному наблюдению больных саркоидозом. Профессор по специальности «фтизиатрия». Профессор кафедры фтизиатрии Российской медицинской академии последипломного образования. Под руководством С.Е.Борисова подготовлены и защищены четырнадцать кандидатских диссертаций. 
Профессор кафедры фтизиатрии Российской медицинской академии последипломного образования (РМАПО) 
Проводит обширную работу по клиническим испытаниям новых противотуберкулёзных препаратов, разработке схем химиотерапии с включением новых препаратов, выявления и лечения латентной туберкулёзной инфекции в группах высокого риска, в частности, у лиц, принимающих иммуносупрессивную терапию генно-инженерными биологическими препаратами. Большое внимание уделяет вопросам диагностики, лечения и диспансерного наблюдения лиц, страдающих микобактериозами, вызванными нетуберкулёзными микобактериями. 

Клиническая работа. 
Врачебный стаж более 30 лет. Начал работу в Московском НИИ туберкулеза (с 1998 г. – НИИ фтизиопульмонологии Московской медицинской академии имени И.М. Сеченова), где прошел путь от младшего научного сотрудника до заместителя директора по научной работе. 
С апреля 2009 г. работает в Московском городском научно-практическом Центре борьбы с туберкулезом в должности заместителя директора по научно-клинической работе. 
 Проводит обширную клиническую работу, как непосредственно в стационаре, так и в клинико-диагностическом центре (КДЦ) – является руководителем КДЦ, а также председателем Центральной врачебной комиссии МНПЦ борьбы с туберкулёзом. Консультирует больных в лечебных учреждениях г. Москвы. Поддерживает связь с противотуберкулезными учреждениями многих субъектов Российской Федерации. Ежегодно выступает с большим количеством докладов на конгрессах, включая международные, научно-практических конференциях, проводимых в Москве и других российских регионах, читает лекции на кафедре фтизиатрии РМАПО, заседаниях Московского общества фтизиатров и других научных и практических заседаниях. 
  
Общественная деятельность. 
Является членом правления Московского общества фтизиатров, президиума Российского общества фтизиатров с 2001 г., Всемирной ассоциации по саркоидозу и гранулематозам с 1997 г., Европейского респираторного общества с 1997 г., редколлегии журнала «Туберкулёз и болезни лёгких», заместителем главного редактора журнала «Туберкулёз и социально значимые заболевания».